Cuando se activa un sistema CNC, los cortes deseados se programan en el software y se dictan a las herramientas y maquinaria correspondientes, que llevan a cabo las tareas dimensionales según lo especificado, de forma muy similar a un robot.
En la programación CNC, el generador de código dentro del sistema numérico a menudo asumirá que los mecanismos son perfectos, a pesar de la posibilidad de errores, que es mayor cuando una máquina CNC se dirige a cortar en más de una dirección simultáneamente. La colocación de una herramienta en un sistema de control numérico está delineada por una serie de entradas conocidas como el programa de pieza.
En una máquina de control numérico, los programas se introducen mediante tarjetas perforadas. En cambio, los programas de las máquinas CNC se introducen en los ordenadores mediante pequeños teclados. La programación CNC se conserva en la memoria del ordenador. El código en sí lo escriben y editan los programadores. Por tanto, los sistemas CNC ofrecen una capacidad de cálculo mucho mayor. Lo mejor de todo es que los sistemas CNC no son en absoluto estáticos, ya que se pueden añadir nuevos mensajes a los programas preexistentes mediante un código revisado.